Для удаления всех элементов справочника можно использовать объект СправочникВыборка.<имя>, с помощью которого осуществлять обход и удаление всех элементов справочника.
При этом следует учитывать, что если справочник иерархический, то выборка должна быть также иерархической, так как при удалении элемента удаляются и все его подчиненные элементы.
Например:
Выборка = Справочники.Номенклатура.ВыбратьИерархически(); Пока Выборка.Следующий() Цикл
ОбъектСправочника = Выборка.ПолучитьОбъект(); ОбъектСправочника.Удалить();
КонецЦикла;
Более подробная информация содержится в разделе Особенности использования динамических выборок (выборки данных с помощью метода Выбрать ...) информационно-технологического сопровождения (ИТС).