Для того чтобы очистить реквизит в форме, следует присвоить этому реквизиту значение по умолчанию.
Например, для реквизита Склад имеющего тип СправочникСсылка.Склады фрагмент кода будет выглядеть следующим образом:
Объект.Склад = ПредопределенноеЗначение("Справочник.Склады.ПустаяСсылка");