Это случилось потому, что у набора записей не был установлен отбор.
Если отбор не установлен, то такой набор записей распространяется на весь регистр и, конечно, это приведет к перезаписи регистра сведений новым набором.
Смотрите также на ИТС Периодические регистры сведений, Проектирование структуры периодических регистров сведений.