Так происходит потому, что в 1С Предприятии 8.2 существует безопасный режим исполнения программного кода. Все внешние обработки и отчёты запускаются именно в этом режиме для того, чтобы обеспечить безопасное исполнение кода. Если есть уверенность, что обработка не содержит вредоносного кода, можно этот режим отключить. И тогда все будет работать.
Во встроенном языке, у менеджера внешних обработок и у менеджера внешних отчетов существует метод Подключить(), при помощи которого выполняется подключение внешней обработки/отчета.
В третьем параметре этого метода БезопасныйРежим задается признак подключения внешней обработки/отчета в безопасном режиме. Если значение параметра Истина или параметр не указан, подключение будет осуществлено в безопасном режиме. Чтобы его отключить нужно установить значение параметра БезопасныйРежим в Ложь.
Пример программного подключения внешней обработки рассмотрен в вопросе Как программно открыть внешнюю обработку?
Подробнее об использовании метода Подключить() можно прочитать в синтакс-помощнике: Прикладные объекты - Внешние обработки и отчеты - ВнешниеОбработкиМенеджер/ ВнешниеОтчетыМенеджер - Методы.
Подробнее о режиме безопасного исполнения программного кода можно прочитать в документации: 1С:Предприятие 8.2. Руководство разработчика, Раздел 5.5.4.3 Безопасный режим работы .