Введение ЕГАИС предусмотрено ст. 5 Федерального закона от 22.11.1995 № 171-ФЗ «О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и об ограничении потребления (распития) алкогольной продукции» (далее — Закон № 171-ФЗ). Правила функционирования ЕГАИС утверждены постановлением Правительства РФ от 29.12.2015 № 1459.
Непосредственно ведение ЕГАИС осуществляется Федеральной службой по регулированию алкогольного рынка (далее — Росалкогольрегулирование) в соответствии с административным регламентом, утв. приказом Росалкогольрегулирования от 01.08.2013 № 193.